卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，症状是否恶变，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，造成子宫附件的变形情况，是否保留生育功能及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿的治疗方式，一般可以分为保守治疗和手术治疗。
卵巢囊肿的保守治疗，一般采取中药治疗，中药治疗卵巢囊肿是从疏肝理气、活血化瘀、清热解毒等方面使患者身脏腑功能活跃。卵巢囊肿的保守治疗是从辨证论治的角度来治疗囊肿，从整体观入手，对机体的气血，经络，脏腑功能进行全面调理，以达气血，经络之通畅，阴阳之平衡的升降浮沉原理，使正气内存，邪不可干的祛邪外出之功。
中药采用调节内分泌，强增免疫和辩证施治的方法，采用“软坚散结、活血化瘀、扶正固本”的治疗原则治疗卵巢囊肿，服药方便，见效快，费用低，愈后基本不复发，达到了治病求本、标本兼治的治疗效果。治疗过程中使得囊肿慢慢缩小、消失，被吸收。
卵巢囊肿的手术治疗可以分为三种：
1.保守手术，尽可能保留正常的卵巢组织。
2.半保守手术，主要是切除子宫及子宫内膜异位病灶，保留卵巢功能。
3.根治手术，是把全子宫及双侧附件都切除，不保留卵巢功能。
卵巢囊肿的治疗，最好选取合理的方案，积极进行治疗，并结合密切随访复查，注意卵巢囊肿的性质变化，然后根据检查结果，采取相应的对策，必要时手术治疗。一切以尽可能降低对患者的身体和心理损害为宜。
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